Plusieurs nécropoles d’époque grecque ont été reconnues : elles sont situées extra-muros et concentrées à l’est ainsi qu’au sud de la cité phocéenne. Elles ont surtout été aménagées pendant les périodes classique et hellénistique, qui voient la pratique de l’inhumation peu à peu supplantée par celle de la crémation.

Les sépultures les plus marquantes pour l’époque classique sont celles du site de la Bourse, installées au sein de terrasses funéraires de belle facture (enclos, peut-être familiaux, contenant plusieurs coffres de pierres dans lesquels des urnes cinéraires sont déposées). À partir de la fin du IV^e siècle avant notre ère, certaines petites nécropoles disparaissent progressivement, au profit de sites densément occupés comme celui de Sainte-Barbe, au nord-est de la ville, ou comme le bassin de Carénage, au sud. Inhumation et crémation se côtoient dans les espaces funéraires et le dépôt d’offrandes est une pratique courante, quel que soit le rite utilisé. Rares sont en revanche les inscriptions funéraires.

De multiples fouilles ou découvertes anciennes ont fourni des informations sur les espaces funéraires du Haut-Empire. Ceux-ci ont été regroupés au sein de trois grands pôles géographiques, toujours situés extra-muros : les nécropoles orientale, méridionale et septentrionale.

Les deux premières comprennent des sites déjà utilisés à l’époque grecque, illustrant une permanence des lieux d’inhumation. La dernière correspond à un nouveau noyau d’implantation funéraire, installé à proximité d’une voie importante menant à Aquae Sextiae (Aix-en-Provence). Le Haut-Empire voit donc s’installer une véritable couronne funéraire autour de la ville plus ou moins densément occupée selon les secteurs. La pratique de la crémation est majoritaire en début de période, avec dépôt fréquent d’objets, mais sera peu à peu abandonnée au profit de l’inhumation, qui devient quasi-exclusive dès la fin du II^e siècle. Les tombes peuvent revêtir de multiples aspects : simples fosses en pleine terre, cercueils de bois, coffres de bois ou de tuiles, bâtières, amphores...

Cette période, sur laquelle il y a peu d’informations, voit un déplacement des pôles funéraires : la nécropole orientale est abandonnée au profit des deux autres. Au nord, la vaste nécropole du Lazaret a livré plusieurs monnaies du III^e siècle, tandis que celle de la rive sud, à proximité de Saint-Victor, a permis la découverte de cuves de sarcophages décorées, attribuées aux III^e et IV^e siècles. Le Bas-Empire voit disparaître totalement la pratique de la crémation, les défunts sont alors inhumés au sein de simples fosses ou de tombes aménagées.

L’occupation funéraire durant l’Antiquité tardive est illustrée par de nombreux sites, grâce auxquels on peut proposer une topographie précise des lieux d’inhumation. Même si de grosses nécropoles antérieures, comme celle de Sainte-Barbe, ne sont plus occupées durant l’Antiquité tardive, les lieux d’inhumation restent implantés extra-muros, dans la tradition de l’époque. Plusieurs nécropoles sont situées à proximité de lieux de culte (monastères, églises, chapelles), comme celles de Saint-Victor et du Pharo, de la Bourse ou, plus au nord, de la rue Malaval.

Les pratiques funéraires diffèrent assez peu de celles des périodes antiques, hormis l’abandon de la crémation et du dépôt d’offrandes, ainsi que l’apparition de sépultures contenant plusieurs sujets, inhumés simultanément ou non. Les tombes sont assez simples : fosses en pleine terre, sous tuiles, en amphore ou sarcophages. Les défunts sont fréquemment enveloppés dans des linceuls ou inhumés habillés, parfois de façon luxueuse comme en témoignent les fils d’or décorant les tuniques ou draps mortuaires découverts dans la nécropole du Pharo.

Les données archéologiques sont rares pour le Moyen Âge, alors même que cette époque est marquée par l’entrée des morts dans le monde des vivants, à l’intérieur des villes et par la création de multiples cimetières paroissiaux.

Les rares sépultures découvertes, sur le site de Puget III, Saint-Victor ou la Major, témoignent d’une simplicité qui est de règle pour cette période.