Le port de Marseille romaine est un grand port de commerce ouvert sur la Méditerranée. Les céramiques et les amphores découvertes, notamment dans les fouilles de la place Jules-Verne, illustrent les relations économiques existant entre Massilia et l’Italie, bien sûr, mais également avec les provinces de  Bétique et de Tarraconnaise (Espagne), de Lusitanie (Portugal), de Maurétanie et de Cyrénaïque (Afrique du Nord) et la Méditerranée orientale.

Plusieurs chantiers en rive nord de la calanque ont livré des aménagements liés à un commerce spécifique du I^er siècle de notre ère : celui du vin en vrac. Ces docks romains contiennent de grandes jarres enterrées, les dolia, d’une contenance de plusieurs milliers de litres. Retrouvés lors des fouilles de la Bourse, de la place et de l’espace Bargemon, de la place Jules-Verne et  de la place Vivaux, ils sont partiellement conservés et aménagés en musée de site « des docks romains ». Le vin, importé grâce à des navires spécialement équipés de ces mêmes dolia, à poste, était transvasé dans les entrepôts grâce à des systèmes de pompes, puis reconditionné en amphores pour être distribué en Gaule.

Le dynamisme du port de commerce marseillais est également illustré, place Jules-Verne, par la découverte, a priori peu spectaculaire, de deux tablettes de bois pyrogravées. Toutefois les inscriptions que porte l’une d’elles témoignent de la probable existence d’une station douanière à Marseille au III^e siècle. Massilia avait ainsi conservé son privilège non seulement de percevoir des taxes douanières pour l’Empire romain (portorium), mais aussi, à l’instar des grandes cités grecques orientales telle Éphèse, d’en lever à son propre profit sur les marchandises transitant par son port. Ceci va à l’encontre de l’idée reçue de la « punition » romaine infligée à la cité grecque après sa chute et de son déclin commercial sous l’Empire romain.